З'ясування клітинних механізмів залучення аутофагії в адаптацію рослин до умов мікрогравітації

Ємець, АІ, Плоховська, СГ, Шадріна, РЮ, Кравець, ОА, Блюм, ЯБ
Косм. наука технол. 2023, 29 ;(2):22-31
https://doi.org/10.15407/knit2023.02.022
Мова публікації: Англійська
Анотація: 
Показано, що умови кліностатування індукують розвиток автофагії без зростанням індексу програмованої клітинної загибелі (ПКЗ) в епідермальних клітинах апексів коренів проростків A. thaliana. Після фази активізації автофагії настає її регуляторне послаблення, що вірогідно свідчить про адаптивні зміни до умов кліностатування. Індукція автофагії корелює з підвищенням рівнів експресії генів atg8, частина з яких (atg8e та atg8i) може бути залучена до реалізації автофагії саме за умов мікрогравітації. Проаналізовано транскрипційну активність генів цитоскелету, що залучені до реалізації стрес-індукованої автофагії, зокрема генів α- і β-тубуліну. Виявлено спільну коекспресію генів α- і β-тубулінів та atg8 за умов дії мікрогравітації. Дані результати ілюструють роль цитоскелету при розвитку індукованої мікрогравітацією автофагії та дає можливість виявити специфічні до цього виду стресу гени.
Індукцію автофагії та ПКЗ досліджували за дії гамма-опромінення як супутнього мікрогравітації фактора космічних польотів, а також за комбінованої дії гострого опромінення і кліностатування. Гамма-опромінення в дозах, що еквівалентні таким в кабіні космічного корабля (1 - 6 Гр) індукувало дозозалежні зміни топології та цитогенетичного стану апікальної меристеми кореня, а також незначно пригнічувало раній розвиток рослин. В меристемі збільшувалась гетерогенність, зростали показники ПКЗ, переважно проліферативної загибелі та аутофагії. При комбінованій дії гамма-опромінення (2 Гр) і кліностатування щільність аутофагосом у кореневих апексах 6-добових проростків збільшувалась (24 год п/оп.), а через 4 доби п/оп. зменшувалась, у порівнянні з неопроміненим контролем.
         Обробка насіння A. thaliana донором  NO здійснювала  стимулюючий  ефект на розвиток рослин, підвищувала вміст ендогенного NO в тканинах кореня та стійкість рослин до кліностатування. За умов кліностатування, у порівнянні з контролем, оптимум концентрації NO зменшувався, можливо, за рахунок внеску NO у генерацію АФК. Негативний ефект дії скавенжера NO на ріст проростків, посилювався кліностатуванням, включаючи збільшення накопичення автофагосом в епідермальних клітинах. Ці дані вказують на те, що ендогенний вміст NO є важливим компонентом внутрішньоклітинних сигнальних механізмів, залучених у відповідь рослинних клітин на імітовану мікрогравітацію, в тому числі, механізми індукції автофагії.
       Отримані дані поглиблюють розуміння молекулярних механізмів розвитку стрес-індукованої автофагії, зокрема залучення різних ізотипів білків ATG8 та їх взаємодії з α- і β-тубулінами, а також іншими молекулярними компонентами, задіяними в індукції автофагії, і будуть покладені в основу розробки підходів до підвищення стресостійкості і адаптації рослин до умов тривалих космічних польотів.
Ключові слова: Arabidopsis thaliana, автофагія, адаптація, гамма-опромінення, гени atg8, експресія генів α- і β-тубулінів, кліностатування, оксид азоту
References: 
1. Aubry-Hivet D., Nziengui H., Rapp K., et al. (2014). Analysis of gene expression during parabolic flights reveals distinct early gravity responses in Arabidopsis roots. Plant Biol., 16, № 1, 129—141.
2. Blume Ya. B., Plokhovska S. H., Shadrina R. Yu., et al. (2022). The role of nitric oxide in Arabidopsis thaliana response to simulated microgravity and the participation of autophagy in the mediation of this process. 44th COSPAR Scientific Assembly (Athens, Greece, July 16—24, 2022): Book of Abstrs.
3. Cao Y., Fan X., Shen Z., et al. (2007). Nitric oxide affects preimplantation embryonic development in a rotating wall vessel bioreactor simulating microgravity. Cell Biol. Int., 31, № 1, 24—29.
4. Cassia R., Amenta M., Fernández M. B., et al. (2019). The role of nitric oxide in the antioxidant defense of plants exposed to UV-B radiation. Reactive Oxygen, Nitrogen and Sulfur Species in Plants. Eds M. Hasanuzzaman, V. Fotopoulos, K. Nahar, M. Fujita. Wiley-Blackwell, 555—572.
5. Correa Aragunde M. N., Foresi N. P., Lamattina L. (2015). Nitric oxide is a ubiquitous signal for maintaining redox balance in plant cells: regulation of ascorbate peroxidase as a case study. J. Exp. Bot., 66, № 10, 2913—2921.
https://doi.org/10.1093/jxb/erv073. 6. Correll M. J., Pyle T. P., Millar K. D. L., et al. (2013). Transcriptome analyses of Arabidopsis thaliana seedlings grown in space: implications for gravity-responsive genes. Planta, 238, 519—533.
7. Fancy N. N., Bahlmann A-K., Loake G. J. (2017). Nitric oxide function in plant abiotic stress. Plant Cell. Environ., 40, № 4, 462—472.
8. Hu X., Neill S. J., Tang Z., Cai W. (2005). Nitric oxide mediates gravitropic bending in soybean roots. Plant Physiol., 137, № 2, 663—670.
9. Khan M., Al Azawi T. N. I., Pande A., et al. (2021). The role of nitric oxide-induced ATILL6 in growth and disease resistance in Arabidopsis thaliana. Front. Plant Sci., 12, 685156.
10. Kolesnikov Y. S., Kretynin S. V., Volotovsky I. D., et al. (2016). Molecular mechanisms of gravity perception and signal transduction in plants. Protoplasma, 253, № 4, 987—1004.
11. Kordyum E. L. (1994). Effects of altered gravity on plant cell processes: results of recent space and clinostatic experiments. Adv. Space Res., 14, № 8, 77—85.
12. Kozeko L. Ye., Buy D. D., Pirko Ya. V., Blume Ya. B., Kordyum E. L. (2018). Clinorotation affects induction of the heat shock response in Arabidopsis thaliana seedlings. Gravit. Space Res., 6, № 1, 2—9.
13. Kravets O. A., Berezhna V. V., Sakada V. I., et al. (2016). Influence clinostating on structure, growth activity and attracting of apical meristem of bean plants. 16th Ukrainian Conference on Space Research (Odesa, Ukraine, August 22—27, 2016): Book of Abstrs, 66.
14. Kravets O. A., Horyunova I. I., Plokhovskaya S. G., et al. (2017). Development of adaptive processes to conditions of modified gravitation at tissue and cellular levels in plants. 17th Ukrainian Conference on Space Research (Odesa, Ukraine, August 21—25, 2017): Book of Abstrs, 60.
15. Kravets O .A., Yemets A. I., Horyunova I. I., Plokhovska S. G., Olenieva V. D., Lytvyn D. І., Spivak S. I., Blume Ya. B. (2018). Investigation of plant cell and tissue adaptive mechanisms to modified microgravity. Space Research in Ukraine. Ed. by O. P. Fedorov. Kyiv: ICD NAS of Ukraine and SCA of Ukraine, 66—72. ISBN 978-966-02-8590-3.
16. Lytvyn D. I., Olenieva V. D., Yemets A. I., Blume Ya. B. (2018). Histochemical analysis of tissue-specific acetylation of α-tubulin as a response for autophagy development in Arabidopsis thaliana induced by different stress factors. Cytol. Genet., 52, № 4, 245—252.
17. Mohd Amnan M. A., Pua T. L., Lau S. E., et al. (2021). Osmotic stress in banana is relieved by exogenousnitric oxide. Peer J., 9, e10879. https://doi.org/10.7717/peerj.10879.
18. Olenieva V. D., Lytvyn D. I., Yemets A. I., Blume Ya. B. (2018). Expression of kinesins involved in the development of autophagy in Arabidopsis thaliana and the contribution of tubulin acetylation to the interaction of ATG8 protein with microtubules. Factors Exp. Evolut. Organisms, 22, 162—168 [in Ukrainian].
19. Olenieva V. D., Lytvyn D. I., Yemets A. I., Blume Ya. B. (2018). Effect of UV-B on the transcriptional profiles of genes of major proteins involved in the development of autophagy with the participation of microtubules. Reports Nat. Acad. Sci. Ukraine, № 1, 100—108.
20. Olenieva V. D., Lytvyn D. I., Yemets A. I., Blume Ya. B. (2018). Influence of sucrose starvation, osmotic and salt stresses on expression profiles of genes involved in the development of autophagy by means of microtubules. Bull. Ukr. Soc. Geneticists and Breeders, 16, № 2, 174—180.
21. Olenieva V., Lytvyn D., Yemets A., Bergounioux C., Blume Ya. (2019). Tubulin acetylation accompanies autophagy development induced by different abiotic stimuli in Arabidopsis thaliana. Cell. Biol. Int., 43, 1056—1064.
22. Paul A. L., Zupanska A. K., Schultz E. R., Ferl R. J. (2013). Organ-specific remodeling of the Arabidopsis transcriptome in response to spaceflight. BMC Plant Biol., 13, 112.
23. Plohovska S. H., Krasylenko Y. A., Yemets A. I. (2019). Nitric oxide modulates actin filament organization in Arabidopsis thaliana primary root cells at low temperatures. Cell. Biol. Int., 43, № 9, 1020—1030.
24. Plokhovska S. H., Shadrina R. Yu., Kravets O. A., Yemets A. I., Blume Ya. B. (2022). The role of nitric oxide in the Arabidopsis thaliana response to simulated microgravity and the involvement of autophagy in this process. Cytol Genet., 56, № 3, 244—252.
25. Shadrina R., Yemets A., Plokhovska S., Blume Ya. (2023). Microgravity induces interplay between atg8, tua and tub gene expression in Arabidopsis thaliana. Preprint available at Research Square.
26. Shadrina R. Yu., Yemets A. I., Blume Ya. B. (2019). Development of autophagy as an adaptive response of Arabidopsis thaliana plants to microgravity conditions. Factors Exp. Evol. Organisms, 25, 327—332.
27. Sun H., Feng F., Liu J, Zhao Q. (2018). Nitric oxide affects rice root growth by regulating auxin transport under nitrate suppl. Front Plant Sci., 9, 659.
28. Yemets A. I., Shadrina R. Yu., Horiunova I. I., et al. (2021). Development of autophagy in plant cells under microgravity: the role of microtubules and atg8 family proteins in autophagosome formation. Space Research in Ukraine. 2018—2020. Ed. O. Fedorov. Kyiv: Akademperiodyka, 79—84.
29. Yun B. W., Skelly M. J., Yin M., et al. (2016). Nitric oxide and S-nitrosoglutathione function additively during plant immunity. New Phytol., 211, № 2, 516—526.
30. Zhan N., Wang C., Chen L., et al. (2018). S-nitrosylation targets GSNO reductase for selective autophagy during hypoxia responses in plants. Mol. Cell., 71, № 1, 142—154.